高新技术企业研发支出辅助账的设置尤为重要，在进行研发支出辅助账设置时，经常会涉及到以下编制问题,下面进行分析：
一、研发支出不以研发项目为单位设置明细核算，而是汇总核算。
二、研发费用辅助账核算范围和分配原则不清晰。
高企研发费用核算范围涉及：人员人工费用，直接投入费用,折旧费用，无形资产摊销费用，新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费，委托外部研究开发费用，以及其他费用。
存在多个研发项目时，领料、动力分配、燃料耗用等，多出现研发和生产共用的情况，或是多个研发项目共用。在这种情况下，应按照合理的依据，对归集的研发费用在研发项目间分配；具体分配依据有按耗用工时统计分配工资成本，有按研发项目使用材料标准成本分配材料成本的。实务当中，一些成本核算能力较弱的企业，因人力等限制，工时、标准成本数据未统计或者没有，操作中按研发所耗用的时间区间，有些会将人工、材料等费用按研发项目数量进行平均分配。
三、研发费用辅助账下只有费用化支出,没有资本化支出。
明细账设置的费用化、资本化，同样适用辅助账要求。对于自主研发专利，会计核算上应当设置“研发支出”一级科目，下设“费用化支出”“资本化支出”两个明细核算科目，不满足资本化条件的计入“费用化支出”，满足资本化条件的计入“资本化支出”。期末，将明细科目归结的“费用化支出”金额转入“研发费用”；资本化支出部分在达到预定用途时，转入“无形资产”进行核算。
四、研发费用资本化不符合条件。
判断标准：开发项目技术方案是否已经过技术团队进行充分论证并通过、公司决策层已经批准立项申请、开发项目已充分进行前期市场调研、有足够的技术和资金支持、开发项目支持能够可靠地归集等。
五、料、工、费核算不准确。
六、研发费用辅助账项目与高新产品收入没有对应关系。
